1、降低含水量：棉籽贮藏时，含水量应当控制在11%下面内容。如果棉籽含水量过高，会由于呼吸影响而导致种子发热变质。

2、堆垛贮藏：棉籽适合建堆贮藏，库内散装一般不宜超过库容的一半。冬春雨雪较少的地区，可采取露天堆垛贮藏。建堆时，垫好垛底、铺50cm厚的棉籽，接着逐层堆高并踩实、用力钭四周拍紧，形成高3-4m的棉籽垛。

一、棉籽贮藏的规则

1、降低含水量

含水量11%下面内容的棉籽适宜长期贮藏，即使受热、受冻，都不致于影响种子发芽率。如果种子含水量在13%以上，往往由于呼吸影响旺盛而造成种子发热变质，因此对高水份的棉籽要做及时晾晒，使其干燥降低含水量。

2、堆垛贮藏

（1）棉籽的散落性较差，宜于堆贮藏。库内散装通常不宜超过库容的1/2，以利于通风换气。冬春雨雪较少的地区，可采用露天堆垛。

（2）垛的大致可以根据种子的数量而定。一般行为是，垫好垛底，铺50厘米厚的棉籽，逐层堆高，逐层踩实，并用力钭四周拍紧，由下而上逐渐收缩，形成下宽上窄、高3-4米的棉籽垛。

（3）顶部堆成椭圆形。堆好垛后，将垛顶和四周苫好，或用草帘围严，避免雨雪侵入。

二、哪些棉籽不宜留种

1、感病严重的棉籽

（1）枯萎病、黄萎病是制约棉花产量的顽症其中一个，而棉籽又是病菌的载体，病菌可以随着棉籽迅速传播。

（2）因此，枯、黄萎病严重地区的棉种，不可调入感病轻的棉区，更不能调入无病棉区。

2、伏前桃和晚秋桃棉籽

伏前桃和晚秋桃生长发育不良，成熟度差，铃重轻，种子发芽率低，长势脆弱。

3、剥桃花的棉籽

有些棉农对发育较为的伏桃，仍然有抢墒剥桃花的陋习。凡剥桃花的棉籽，由于没有成熟，更没有完成后熟影响，不可推向市场。

4、喷施乙烯利的棉籽

喷施乙烯利虽可促棉花早熟3-4天，但对棉籽损伤较大，致使发育不全，不能做种。

5、退化严重的品种

棉花是异交作物，异交率在8%左右，有些棉农多年没有更换新的品种，棉种纯度只有70-80%，质量退化严重，继续使用必将导致减产，质量下降。

6、与农药、化肥一起存放的棉籽

有些农户将棉籽与农药、化肥长期存放于一个仓库且通气不良，由于农药、化肥散发的有毒气体损伤棉籽正常的生理，造成发芽率锐减。

7、储存年代过久的棉籽

棉种存放半年通常发芽率在80%以上，在无低温冷藏设备的情况下，棉种的寿命与储存年代呈负面增长。

8、水泥晒场上晒过的棉籽

在水泥晒场上晒含水量较高的棉籽，由于呼吸强度旺盛，造成棉种生理机能失调，部分棉籽形成哑籽，失去发芽能力。

9、机械损伤过重的棉籽

精加工的包衣棉种中，机械损伤率应控制在2%以内。破籽率超过2%以上的棉籽，受浸染过重，对发芽率影响非常大，破籽率过高就不宜于作种用。